При разработке амфибии с тубовинтовыми двигателями Бе-12 использовались уже проверенные временем элементы конструкции летающей лодки Бе-6. Целесообразность амфибийного варианта летающей лодки с колесным, убирающимся в полете, шасси не вызывала сомнений. Но для перекомпоновки самолета под шасси с передней опорой времени не было и потому оставили архаическую схему шасси с хвостовым колесом.

Одна из особенностей запуска турбовинтовых двигателей состоит в том, что для их холодной прокрутки необходима большая мощность. Это означало, что от бортовых аккумуляторных батарей запуск произвести невозможно и на самолете появился третий двигатель - АИ-8.

Испытания Бе-12 начались в октябре 1960 года. Более года первый опытный самолет Бе-12 успешно выполнял полеты по программе, но в ноябре 1961 года по вине экипажа произошла катастрофа.

Второй экземпляр самолета существенно отличался от своего предшественника. Консоли крыла самолета сделали более жесткими, а двигатели перенесли на верхнюю часть крыла, что позволило увеличить расстояние между лопастями и поверхностью воды. Была ликвидирована и палубная пушечная установка. Существенному пересмотру подвергся состав бортового оборудования.

Государственные совместные испытания противолодочного варианта самолета-амфибии Бе-12 начались в 1963 году. Испытания проходили далеко не гладко, выявлялись существенные недоработки, а мореходность самолета оказалась существенно ниже ожидаемой. Наибольшее количество нареканий вызвало поисково-прицельное оборудование самолета. Эффективность решения противолодочных задач, как, впрочем, и следовало ожидать, оказалась невысокой, что было предопределено идеологией использования имеющихся средств, их низкими данными и невысокой надежностью. Тем не менее самолет был принят на вооружение.

Для поражения подводных лодок предполагалось использовать противолодочные бомбы и торпеду. Однако чрезвычайно низкая эффективность противолодочных бомб была достаточно известна, и некоторые надежды возлагались на самонаводящуюся в двух плоскостях акустическую электрическую авиационную торпеду АТ-1. При этом вероятность поражения подводной лодки торпедой АТ-1 не превышла 0,15.

По мере приобретения навыков подразделения и части Бе-12 стали все больше и чаще привлекаться к мероприятиям оперативно-тактической подготовки и несению боевой службы - полетам, имеющим задачей производить поиск подводных лодок и в случае обнаружения следить за ними. Учитывая ограниченное количество и относительную дороговизну буев, для первичного поиска их использовали редко. Несмотря на недостатки магнитомера, Бе-12 приступили к периодическим поискам подводных лодок с его помощью, галсируя на высотах 70-100м в назначенных районах. В случае обнаружения сигнала, район окружался буями. Противолодочный самолет на испытаниях показал свои невысокие возможности, и впоследствии предпринимались меры по их повышению за счет применения средств поиска подводных лодок и поражения с лучшими характеристиками.

Предпринимались попытки компенсировать довольно низкие возможности самолета по поражению подводных лодок: было решено, оставив низкую точность определения места и элементов движения цели, попытаться увеличить вероятность поражения, применив мощные средства поражения. Так возникла идея превратить самолет Бе-12 в носитель ядерного боеприпаса 5Ф-48, получившего кодовое обозначение "Скальп". Внешних различий самолеты не имели. Различие состояло в оборудовании, обеспечивающем безопасность и надежность применения оружия.

Бомба "Скальп" предназначалась для применения с высот от 2000 до 8000м. Подрыв ее происходил на глубинах 200 или 400м. Вес "Скальпа" составлял 1600кг, радиус поражения подводной лодки с применением "Скальпа" оценивался в 600-700м. Бомба недолго находилась на вооружении. Ее заменила более компактная бомба с ядерным зарядом. Появилась возможность подвесить в грузоотсеке до 29 буев. Таким образом, самолет из ударного превратился в поисково-ударный.

Бе-12 остается в памяти многотрудным самолетом, требовавшим значительных затрат времени на его подготовку к полету и послеполетное обслуживание, особенно, когда выполнялись полеты с воды. Он не давал расслабляться экипажу в полете, требовал внимания и постоянной готовности принять решение в случае нештатной ситуации. Но это, в то же время, и первый противолодочный самолет специальной постройки.

• Бе-12ПС - поисково-спасательный вариант (1969 года)
• Бе-12Н - вариант с ППС Нарцисс -12 (1976 года)
• Бе-12П - противопожарный самолет-амфибия (1992 года)
• Бе-12СК - носитель противолодочного ядерного боеприпаса 5Ф-48 "Скальп" (1963 года)