Станции постановки активных радиопомех СПС-1 и СПС-2, которые устанавливались на Ту-16 в пятидесятые годы и предназначались для групповой защиты летящих в строю ударных машин от РЛС, обладали сравнительно невысокими характеристиками - недостаточной мощностью излучения, большими габаритами и весом. Для их применения требовался еще один член экипажа - оператор спецаппаратуры, который должен был вначале обнаружить работающий радар, определить его частоту, после чего настроить на нее передатчик помех. Для этого, даже при хорошей подготовке, оператору требовалось примерно три минуты. За это время, особенно при полетах на малых высотах, самолет успевал проскочить зону, из которой мощность бортовой аппаратуры позволяла подавить данную РЛС. Кроме того, СПС-1 и СПС-2 не обеспечивали эффективного подавления многоканальных и перестраиваемых станций.

Тем не менее в 1955-57 годах были выпущены постановщики помех на базе Ту-16, оборудованные этими станциями Ту-16СПС. Как и на Ту-16Р, в задней части грузоотсека этих машин устанавливалась герметичная съемная кабина спецоператора. В передней части грузоотсека можно было подвешивать бомбовое вооружение. Две антенны станции СПС-2, закрытые каплевидными обтекателями, размещались в нижней части фюзеляжа перед и за грузоотсеком.

Почти все постановщики помех на базе Ту-16 отличались друг от друга составом и типом оборудования.

Во второй половине пятидесятых годов в СССР была разработана система "Букет", которая, в отличие от СПС-1 и СПС-2, могла работать в автоматическом режиме и создавать помехи одновременно нескольким РЛС, в том числе многоканальным и перестраиваемым. Самолеты, оборудованные системой "Букет", обозначались Ту-16П. Автоматизация станции позволяла обойтись без дополнительного члена экипажа, станцией управлял штурман-оператор со своего рабочего места. Один постановщик помех мог прикрыть группу из нескольких бомбардировщиков. В шестидесятые годы практически все находившиеся в строю Ту-16СПС были оборудованы системой постановки активных помех "Букет".

Для своего времени "Букеты" были самыми мощными в мире помеховыми станциями, и существовавшие тогда способы защиты РЛС не спасали их от глушения. В то же время "Букеты" имели большой вес и обладали значительной энергоемкостью. Для их размещения использовали грузоотсек, при этом бомбардировочное вооружение и створки демонтировались полностью, а отсек закрывался обтекателем. В задней части грузоотсека могла устанавливаться аппаратура постановки пассивных помех.

Оборудование Ту-16П постоянно модернизировалось. В частности, устанавливались станции индивидуальной и групповой защиты типа "Сирень", блоки которой располагались в техническом отсеке фюзеляжа и в хвостовом контейнере-обтекателе, установленном вместо задней стрелковой установки.

Параллельно с созданием постановщика активных помех разрабатывался постановщик пассивных помех Ту-16Е (Ёлка). Во всю длину его грузоотсека располагались семь автоматов сброса помех АСО-16. В створках отсека имелись вырезы для выводных рукавов автоматов. В незанятом объеме отсека можно было подвешивать бомбы. В дальнейшем самолеты Ту-16Е модернизировались и дорабатывались, постепенно приближаясь по характеристикам к Ту-16П, становясь комбинированными постановщиками активных и пассивных помех.

Вариант Ту-16Е-ХР (химический разведчик) предназначался для ведения фотографической, радиотехнической, радиационной и химической разведки. Наличие на борту средств радиопротиводействия лишь способствовало выполнению задач воздушной разведки. Ту-16Е-ХР состоял из семи человек.