Во время работы над Як-125 КБ Яковлева получила задание на разработку скоростного бомбардировщика специального назначения, предназначенного для нанесения ударов малогабаритными атомными бомбами по особо важным целям в оперативной глубине обороны противника при интенсивном противодействии ПВО.

"Спецподвеска" размещалась в бомбоотсеке, расположенном в средней части фюзеляжа, в связи с чем значительной доработке подверглось шасси. Заднюю опору сдвинули за бомбоотсек, а переднюю из-за резкого увеличения нагрузки на нее полностью изменили, сделав двухколесной. (Аналогичная схема шасси применялась на всех последующих фронтовых бомбардировщиках этого ОКБ.) Кабину штурмана разместили в носовой части самолета. Обзор из нее обеспечивался носовым сферическим колпаком из оргстекла, восемью боковыми окнами, а для работы с оптическим бомбовым прицелом ОПБ-П5 снизу сделали плоское окно. Входной люк кабины штурмана расположили сверху.

Як-125Б стал первым самолетом ОКБ Яковлева, на котором установили бомбардировочный радиолокационный прицел РММ-2 "Рубидий". Антенна, приемопередатчик и модулятор РЛС располагались под кабиной пилота, остальные ее агрегаты - в кабине штурмана. Снаружи антенна РЛС закрывалась радиопрозрачным обтекателем.

Опытный Як-125Б, которому в серии предполагалось дать обозначение Як-25Б, испытывался в 1955 году. Однако самолету не суждено было строиться серийно - он уже не соответствовал требованиям времени, а на испытания вышел новый сверхзвуковой бомбардировщик этого ОКБ.