Компания Boeing получила в 1983 году контракт на разработку самолета для замены парка машин EC-130Q Hercules, которые обеспечивали связь с флотом атомных подводных лодок. Самолет, оборудованный системой TACAMO ("Take Charge and Move Out") должен был обладать высокой живучестью и иметь продолжительное время патрулирования. Являясь частью программы Looking Glass, самолеты должны были нести круглосуточное дежурство в воздухе, обеспечивая передачу команд от USStratCom в случае выхода из строя наземного пункта управления.

Компания Boeing использовала планер Model 707, оснастив его средствами связи, рабочими местами операторов внутри просторного фюзеляжа и турбовентиляторными двигателями CFM56 компании CFM International. Вместо устаревшего приборного оборудования кабины было установлено современная система навигации и отображения данных.

Кроме систем связи, аналогичных установленным на самолете E-3A, на новый самолет дополнительно оборудовали специфическими системами TACAMO, включающие буксируемую длинноволновую проволочную антенну и антенные контейнеры на концах крыла. ВМС США затребовали 16 самолетов для замены машин ЕС-130Q. Первый опытный самолет под обозначением E-6A Mercury поднялся в воздух в феврале 1987 года. Самолет принят на вооружение в 1989 году. Последний из заказанных самолетов был выпущен в 2006 году.