В двадцатые годы компания Heinkel заслужила репутацию производителя надежных и прочных самолетов. Именно эта компания первой начала проектировать боевые самолеты для будущих люфтваффе третьего рейха. В 1931 году компания приступила к разработке легкого бомбардировщика-разведчика Hе.45 и легкого армейского самолета Hе.46.

Обе машины создавались параллельно, были близки по размерам и мощности двигателей, но различались по конструкции. К этому времени схема самолета-биплана уже считалась устаревшей для большинства типов военных самолетов. Но контракт на разработку исключал использование непроверенных решений, главными требованиями были послушность в управлении, легкость в обслуживании, прочность конструкции и хорошая весовая отдача. В результате получились самолеты смешанной конструкции с умеренными летными данными.

Самолет He.45 поднялся в воздух весной 1932 года, уже после первого полета He.46. Он представлял собой классический биплан с двухстоечной коробкой крыльев и колесами шасси с общей осью. Двигатель - 12-цилиндровый BMW-VI водяного охлаждения мощностью 600л.с. с двухлопастным винтом. Деревянное двухлонжеронное крыло с тканевым покрытием имело N-образные стойки. Верхнее крыло крепилось над фюзеляжем на стойках. Элероны были на верхнем и нижнем крыльях с жесткой связью между собой. Фюзеляж квадратного сечения был сварен из стальных труб и обшит до кабины листами алюминиевого сплава, а далее - тканью. Кабина рассчитывалась на двух членов экипажа. В задней кабине мог устанавливаться подвижный пулемет MG-15.

После успешных летных испытаний самолет He.45a был запущен в серию и уже летом 1933 года начались его поставки в летные школы. Эти машины предназначались для обучения и поэтому поставлялись без вооружения, с козырьком и нормальной задней кабиной. Кольцевая турель под пулемет была скрыта под обшивкой. Предусматривалась установка радиостанции FuG-VI с питанием от ветряка-генератора под фюзеляжем, а за кабиной наблюдателя можно было поставить фотокамеру. Hесколько самолетов вместо элеронов на нижнем крыле получили закрылки.

В 1932 году появился вариант разведчика-бомбардировщика He.45b. На нем устанавливался передний синхронный пулемет, предусматривалась возможность подвески до 200кг бомб. Hекоторые самолеты имели шасси с раздельными осями колес. Лицензионное производство самолета было начато и другими компаниями. Небольшое количество самолетов под обозначением He.61 было продано в Китай.

В конце 1935 года начался выпуск варианта He.45d с двигателем BMW-VI взлетной мощностью 750л.с. Hемного отличался руль высоты, усиливался хвостовой костыль, жесткая связь элеронов была заменена тросовой. К началу 1936 года He.45 стал самым многочисленным самолетом немецких ВВС. Он использовался в эскадрильях дальней разведки, для повышенной летной подготовки, для обучения наблюдателей. Общий выпуск Hе.45 соcтавил 512 самолетов.

Сорок самолетов He.45 получили испанские националисты. Hесмотря на явную устарелость, эти машины добились заметных успехов. Они совершали штурмовые, бомбардировочные и разведывательные полеты на северном участке фронта.

С началом Второй мировой войны казалось, что Hе.45 уже закончил свою карьеру. Но осенью 1942 года недостаток самолетов, способных совершать ночные полеты вдоль линии Восточного фронта, заставил поставить в строй "беспокоющих" эскадрилий различные учебные и устаревшие машины. Экипажи набирались из летных школ. Вооружение состояло из синхронного МG-17 и одного МG-15 у наблюдателя. Самолеты могли нести бомбы калибром до 70кг.

К весне 1943 года "беспокоющие" эскадрильи были переформированы во вспомогательные эскадрильи ночных бомбардировщиков. Большинство He.45 к этому времени было списано.