Параллельно с разведчиком-бомбардировщиком Hе.45, компания Heinkel разрабатывала ближний разведчик Hе.46, который поднялся в воздух немного раньше. Hо если He.45 был запущен в серию сразу после испытаний опытного образца, то подготовка самолета He.46 к серийному выпуску потребовала серьезных изменений в конструкции.

Первый экземпляр He.46 имел довольно необычную компоновку крыла. Верхнее крыло было вынесено вперед и имело стреловидность 10°, а нижнее было прямым. Это должно было улучшить обзор пилоту вперед и вниз. Разработка девятицилиндрового радиального двигателя воздушного охлаждения Siemens SAM-22B затянулась и на прототип He.46a установили менее мощный Bristol Jupiter. С этим двигателем самолету явно не хватало мощности, но управляемость оказалось приемлемой, а характеристики довольно высокими и вполне удовлетворяли требованиям министерства транспорта. Но обзор для наблюдателя был сильно ограничен нижним крылом.

Еще в начале испытаний уменьшили по высоте хвостовую часть, а кабину наблюдателя опустили. Но затем нижнее крыло решили вообще убрать, а размер верхнего увеличили до 14м. Летом 1932 года поднялся в воздух вариант He.46b с крылом типа "парасоль". Hовая схема была принята воздушным штабом, а на третий опытный самолет He.46c установили двигатель SAM-22B. В таком виде самолет был запущен в серию.

Серийный He.46c имел смешанную конструкцию с подкосным деревянным крылом, обшитым тканью. Фюзеляж был сварен из стальных труб и обшит спереди металлом, а сзади - тканью.Колеса шасси были на отдельных полуосях. Пилот сидел под вырезом в крыле, наблюдатель - за ним и чуть ниже. В его кабине предусматривалась установка пулемета МG-15 на кольцевой турели. В заднем отсеке можно было установить фотокамеру или подвесить вертикально до 200кг бомб. Выпуск самолета был налажен одновременно несколькими компаниями.

Летные данные самолета были невысокими, но прочная конструкция позволяла выносить грубые посадки, а хорошая управляемость допускала серьезные ошибки пилота. Неприятным недостатком He.46 оставалась сильная вибрация двигателя. Самолеты He.46d без вооружения использовались для различных демонстрационных полетов в составе немецкого воздушно-спортивного союза.

В 1935 году правительства Болгарии и Венгрии в нарушение Версальских ограничений стали формировать свои собственные ВВС. Для них была разработана экспортная версия самолета He.46e под более мощный 14-цилиндровый двигатель воздушного охлаждeния. Специально для школ разведчиков была выпущена невооруженная модификация He.46f. Вскоре после начала войны в Испании двадцать самолетов He.46c были переданы националистам.

С началом поставок самолетов Hs.126 разведчики He.46 стали сниматься с вооружения. Эти машины еще успели поучаствовать в скоротечной кампании против Польши, но к началу вторжения во Францию в строевых частях самолетов He.46 практически не осталось.

Однако осенью 1942 года самолеты He.46 вновь появились на фронте, теперь в составе "беспокоящих" эскадрилий. Они действовали ночью и использовали устаревшие и учебные самолеты. Действовали они в основном с небольших взлетных полос у самого фронта. Самолеты He.46 использовались для выполнения таких задач вплоть до расформирования последней группы "ночных штурмовиков".