Выдвинутые в 1933 году технические требования к двухдвигательному самолету, сочетающему качества среднего бомбардировщика и коммерческого самолета, привели к созданию двух проектов: Ju.86 и Heinkel He.111, которым было суждено сыграть важную роль в развитии боевой и гражданской авиации Германии в предвоенные годы.

Ju.86 являлся развитием однодвигательного Ju.60. В отличии от традиционной для Юнкерса конструкции с гофрированной обшивкой, фюзеляжем квадратного сечения и многолонжеронным крылом, новый самолет получил овальный фюзеляж и двухлонжеронное крыло с гладкой обшивкой. Первый полет прототипа состоялся в ноябре 1934 года. Самолет проектировался под новые авиационные дизели Jumo-205. Эти шестицилиндровые двухтактные дизели водяного охлаждения обладали небольшой удельной мощностью, но зато имели меньшее поперечное сечение. Так как летных Jumo-205 еще не было, первый опытный самолет был оснащен двумя девятицилиндровыми двигателями воздушного охлаждения Siemens SAM-22 с двухлопастными винтами.

Во время первых полетов выявился целый ряд недостатков, главным из которых была плохая реакция на рули. Продольная устойчивость была недостаточной. Самолет вернули для доработок. Одновременно были установлены верхняя и нижняя стрелковые позиции. Верхняя турель закрывалась сдвижным фонарем, а нижняя представляла собой полуубираемую "корзину". Второй опытный экземпляр отличался остекленной носовой частью и небольшой носовой башней с ручным управлением. Прототип гражданского варианта отличался от бомбардировщика только отсутствием оборонительного вооружения и бомбодержателей. Предусматривалось размещение 10 пассажиров в несколько тесноватой кабине шириной всего в 1.5м.

Выпуск боевой и гражданской версий самолета начался одновременно в конце 1935 года. Серийные самолеты Ju.86a получили два двигателя Jumo-205C. Крыло получило закрылки типа "двойное крыло Юнкерса". Одной из особенностей самолета была узкая база шасси, стойки которого убирались с помощью электромотора. Экипаж состоял из четырех человек: пилота, штурмана, радиста и стрелка. Оборонительное вооружение Ju.86a-1 состояло из трех пулеметов MG.15, расположенных в носовой башне, на верхней турели под сдвижным фонарем и в нижней "корзине". В фюзеляже предусматривалась подвеска восьми 100кг бомб в отсеке вертикально.

Первый пассажирский вариант получил обозначение Ju.86b. Было выпущено семь самолетов, которые использовались на авиалиниях Германии и Швейцарии. В 1937 году было построено шесть пассажирских самолетов Ju.86c, отличавшихся удлиненной хвостовой частью фюзеляжа.

С поступлением первых бомбардировщиков на вооружение выявилась все еще неудовлетворительная устойчивость самолета. Чтобы ее улучшить, хвостовую часть удлинили. Увеличили емкость топливных баков. С этими изменениями серийные бомбардировщики стали называться Ju.86d. В конце 1937 года пять Ju.86d были отправлены в Испанию. В боевых условиях Hе.111В показал полное превосходство над Ju.86d, а дизели Jumo-205С не оправдали надежд. Они хорошо работали при постоянной и длительной нагрузке, но плохо переносили изменение оборотов, что требовалось при боевом маневрировании. Не удалось устранить и резкое падение мощности на высоте больше 5000м.

Компании было предложено переключить производство на выпуск Ju.86 с BMW.132F. С этими двигателями бомбардировщик получил обозначение Ju.86e. Поставки начались в конце лета 1937 года.

Одним из недостатков Ju.86 был плохой обзор пилота при взлете, пока хвост не отрывался от земли. Чтобы решить проблему, кабину перенесли вперед, и всю носовую часть полностью остеклили. Пулемет MG.15 установили в правой лобовой панели. Под обозначением Ju.86g этот самолет выпускался летом 1938 года. Кроме того, по этому образцу было модернизировано 40 ранее выпущенных самолетов.

В конце осени 1938 года, общее количество бомбардировщиков Ju.86 в составе люфтваффе было доведено до 235. С этого момента Ju.86 стал выводиться из частей первой линии. Вскоре после польской компании они были отправлены в отставку. Самолеты с дизелями были сняты с вооружения, а бомбардировщики с двигателями ВМW.132 были направлены в летные школы.

В сентябре 1939 года министерство авиации получило предложение переделать бомбардировщики Ju.86 в сверхвысотные разведчики с дизельными двигателями Jumo-207A-1. С самолетов сняли стрелковые установки, носовую часть переделали под двухместную гермокабину. Первый опытный Ju.86p взлетел в феврале 1940 года. С весны 1942 года выпускался еще один вариант разведчика Ju.86r с двигателями Jumo 207B-3, четырехлопастными винтами и еще более длинными консолями. Самолеты этого типа эксплуатировались до июня 1944 года.

Экспортный вариант получил обозначение Ju.86k. С 1937 года самолет с двигателями Bristol Pegasus строился по лицензии в Швеции, где ему было присвоено военное обозначение B-3. Около 60 машин Ju.86k с моторами Gnome-Rhone 14K было поставлено в Венгрию.