В ноябре 1934 года в небо поднялся прототип самолета Ju.86. Разработка военной и гражданской версии самолета велась одновременно. Первый пассажирский вариант получил обозначение Ju.86B. От бомбардировщика он отличался только отсутствием оборонительного вооружения и бомбодержателей. В фюзеляже оборудовали несколько тесноватый салон шириной всего полтора метра, в котором разместили десять кожанных кресел. Салон был оборудован системой вентиляции.

Кабина пилотов располагалась в передней части фюзеляжа, вход в неё осуществлялся из пассажирского салона. Как и на военных самолетах остекленение кабины было сделано ассиметричным. В кабине размещался полный комплект навигационного оборудования и связи, позволяющего выполнять полёты в условиях плохой видимости.

Было построено семь самолетов Ju.86B, которые использовались на авиалиниях Германии и Швейцарии. Еще шесть самолетов было построено в варианте Ju.86C, отличавшихся удлиненной хвостовой частью фюзеляжа.