Ju.88 представлял собой образец использования удачного самолета для решения широкого круга задач вместо создания ряда специализированных машин. Спецификация на многоцелевой самолет, способный выполнять задачи бомбардировщика, истребителя, разведчика и штурмовика были выпущены техническим департаментом в 1934 году. По этому заданию были созданы Focke-Wulf Fw.57 и Henschel Hs.124. Но к началу 1935 года уже появились веские сомнения в правильности такой концепции и были разработаны требования к специализированному скоростному трехместному бомбардировщику с бомбовой нагрузкой до 800кг.

Если Messerschmitt попытался приспособить для этой задачи свой Bf.110 (что привело к появлению самолета Bf.162), то Junkers сделала упор на новейшие конструкционные разработки. Первоначально рассматривались два параллельных проекта с однокилевым Ju.88 и разнесенным оперением Ju.85. Но в мае 1936 года выбор был сделан в пользу первого проекта и 21 декабря 1936 года прототип Ju.88 отправился в первый полет.

Самолет Ju.88-V1 представлял собой низкоплан с двумя 12-цилиндровыми двигателями жидкостного охлаждения Daimler-Benz DB-600Аа с лобовыми радиаторами. Третий прототип получил двигатели Junkers Jumo.211A, потолок кабины был несколько приподнят, чтобы обеспечить место для установки пулемета МG-15, а под бомбоприцел внизу справа под кабиной был установлен блистер с обтекателем. Результаты испытаний Ju.88 были вполне удовлетворительными, его главный конкурент Henschel Hs.127 несколько опаздывал с испытаниями, а Messerschmitt был перенацелен на производство только истребителей. В результате весной 1938 года началась подготовка к серийному производству Ju.88.

К этому времени требования к самолету несколько изменились, упор был сделан на возможность бомбометания с пикирования. Оборонительное вооружение было решено усилить, а экипаж увеличить до четырех человек. Все четыре члена экипажа размещались плотной группой в носовой части фюзеляжа перед крылом. Самолет получил фасеточное остекление носовой части. Под кабиной в нижней гондоле была оборудована установка под один пулемет, стрелявший назад-вниз. Все эти изменения были внесены на Ju.88-V4, совершивший свой первый полет 2 февраля 1938 года.

Самолеты серии Ju.88A получили воздушные тормоза и внешнюю подвеску для бомб. На Ju.88A-1 были установлены узлы крепления стартовых ракетных ускорителей. Первоначально оборонительное вооружение состояло иэ пулемета МG-15, стрелявшего вперед через правую часть остекления, которым управлял пилот, и из двух таких же пулеметов - в задней верхней и нижней установках. Вскоре выяснилось, что этого недостаточно. Срочно был установлен еще один МG-15 стрелявший назад. Обычно в частях технического обслуживания ставились еще два МG-15 в боковых установках. Все эти дополнительные пулеметы обслуживались одним человеком.

Развитие серии A привело к появлению большого количества модификаций, которые обеспечили необычайно долгую историю развития данного типа. Основной стала модификация Ju.88A-4 с двигателем Jumo.211J, увеличенным размахом крыла и усиленными стойками шасси. Хотя в "битве за Англию" Ju.88A проявил себя лучше, чем любой другой бомбардировщик люфтваффе, а его высокая скорость пикирования позволяла уходить даже от Spitfire, потери были все же выше приемлемого уровня. В результате усилили оборонительное вооружение и бронезащиту экипажа. Пулеметы МG-15 заменили на МG-81, имевшие более высокие данные при том же калибре. В гондоле могли устанавливаться либо МG-131, либо спарка МG-81. С середины 1941 года задняя часть кабины приобрела выпуклую форму для обеспечения большей свободы действия стрелкам. При этом были установлены новые бронированные шаровые установки для двух МG-81. Передний бомбоотсек был заменен на топливный бак. Бомбовая нагрузка теперь размещалась в основном под крылом.

На базе Ju.88A выпускались учебные модификации с двойным управлением, морские разведчики с локатором FuG-200, торпедоносец с экипажем из трех человек и узлами для подвески двух торпед, штурмовик с усиленным бронированием и батареей из 16 пулеметов MG.17 в контейнере под крылом.

В конце 1942 года стало очевидно, что характеристики Ju.88A уже не позволяют ему уходить от истребителей противника. На модификацию Ju.88S установили двигатели воздушного охлаждения BMW-801D, позже была добавлена система форсирования GM-1. Бронезащита была почти полностью снята, характерное остекление носовой части из плоских панелей было заменено аэродинамически обтекаемыми стеклами. Hижняя гондола была снята. Экипаж был ограничен тремя членами - пилотом, штурманом-бомбардиром и радистом. Оборонительное вооружение состояло из одного пулемета МG-131 в задней части кабины. Hи воздушных тормозов, ни автомата вывода из пикирования не было. Поставки Ju.88S начались в первые недели 1944 года.

Дальнейшее совершенствование самолета привело к появлению Ju.88S-2 с двигателями ВМW-801TJ, оснащенных турбокомпрессорами, со снятием тяжелой и занимавшей много место системы GM-1. Чтобы обеспечить больше места под топливо, был использован деревянный подфюзеляжный обтекатель, в котором можно было подвесить до 3000кг бомб, а бывшие бомбоотсеки были заменены на бензобаки. Крупнокалиберный пулемет в конце кабины был дополнен спаркой МG-81 в хвостовой части нижнего обтекателя.

Последним вариантом серии S стал Ju.88S-3, оснащенный двигателями Jumo-213А с реактивными патрубками и системой форсирования GM-1. Максимальная скорость достигала 610км/ч. Было выпущено всего несколько машин.

На базе среднего бомбардировщика Ju.88 было сделано несколько вариантов дальних разведчиков. С начала 1940 года в воинских частях началась переделка бомбардировщиков серии A в дальние разведчики с установкой дополнительной фотоаппаратуры. В середине 1940 года начался серийный выпуск разведчиков Ju.88B и Ju.88D. Ju.88B первоначально строились как бомбардировщики с новой носовой частью (аналогичной Ju.188) и моторами BMW.801, но потом они были переделаны в разведчики без бомбовой нагрузки. Ju.88D - это дальний разведчик на базе бомбардировщика Ju.88A, отличался отсутствием тормозных решеток и части наружных бомбодержателей, увеличенным запасом горючего.

С июня 1941 года они в массовых масштабах применялись над Советским Союзом. К этому времени это был самый распространенный разведчик Люфтваффе. Самолеты данного типа участвовали во всех основных кампаниях германской армии на всех фронтах.

В конце 1943 года был разработан сверхдальний разведчик Ju.88H, оснащенный двигателями ВМW-801D. Hижняя гондола под фюзеляжем была снята, в фюзеляж были вставлены секции, позволившие разместить дополнительные баки с топливом. С подвесными баками дальность самолета выросла до 5120км.

Параллельно разрабатывались два варианта специально для разведки над Атлантикой: Ju.88H-1 и H-2. Ju.88H-1 представлял собой чистый разведчик с локатором FuG-200 и тремя аэрофотокамерами в задней части фюзеляжа. Экипаж состоял из трех человек, а оборонительное вооружение из одного подфюзеляжного спаренного пулемета MG-81Z, одного носового МG-81 и такого же пулемета на подвижной установке в конце кабины. Ju.88H-2 рассматривался в качестве "охотника" для действий по авиационному эскорту конвоев союзников. Главным его отличием были шесть пушек МG-151/20, установленных в подфюзеляжном отсеке вместо локатора и фотокамер. Всего было построено два серийных разведчика Ju.88H-1, а ударный Ju.88H-2 остался на стадии прототипа.

С начала 1944 года на фронте появились более современные разведчики Ju.88T, сделанном на базе Ju.88S. Готовилось его крупносерийное производство, но осенью 1944 года было решено вместо него запустить в серию Ме.410.

Необходимость создания эффективных противотанковых средств в связи с ростом советских танковых войск стала очевидна еще в 1942 году. В результате было создано несколько противотанковых самолетов-штурмовиков. Летом 1942 года проходил испытания вариант Ju.88P, вооруженного 75-мм пушкой КwК-39. Пушка устанавливалась в большом обтекателе под фюзеляжем. Hижняя гондола была снята, а за обтекателем была оборудована нижняя стрелковая установка с парой пулеметов МG-81. Пушка, установленная под некоторым углом вниз, имела ручное заряжание, а ее ствол выступал на полтора метра за фюзеляж.

Летные данные самолета оказались очень низкими. Пушка и большой обтекатель сделали Ju.88P плохим в управлении и уязвимым от истребителей. За один заход удавалось сделать не более двух выстрелов, но даже одного прямого попадания было достаточно для того, чтобы поджечь любой танк.

Испытания были относительно успешными, и была заказана небольшая серия. Самолет отличался отсутствием остекления в носовой части и новой пушкой Раk-40 (ВК 7,5) с большим дульным тормозом и электро-пневматической системой перезарядки.

На вариант Ju.88P-2 установили две более скорострельных 37-мм пушки ВК 3,7 с электропневматическим механизмом перезарядки. Полигонные стрельбы показали, что 37-мм бронебойный снаряд с вольфрамовым сердечником пробивает корпуса основных советских танков. Кроме того, проводились экперименты по оснащению Ju.88 одной 50-мм пушкой ВК 5, а также безоткатной динамореактивной 88-мм пушкой DuKa 8,8. Но наладить серийное производство этих самолетов не успели.