Летом 1935 года компании Dornier и Junkers получили спецификации на дальний тяжелый бомбардировщик "Уралбомбер". Инициатором проекта создания стратегического бомбардировщика стал глава штаба ВВС генерал-лейтенант Walter Wever. В начале осени было заказано по три опытных самолета, получивших обозначение Do.19 и Ju.89.

При создании Ju.89 широко использовался опыт, полученный при разработке бомбардировщика Ju.86. В конструкции использовался дюраль, а для нагруженных узлов хромо-молибденовая сталь. Фюзеляж представлял собой монокок квадратного сечения, усиленный шпангоутами и стрингерами, с эллиптическим гаргротом сверху. Закрылки типа "двойного крыла Юнкерса" состояли из двух секций. Основные стойки шасси убирались гидравлически в заднюю часть мотогондолы.

Силовая установка состояла либо из четырех двигателей Junkers Jumo-211А, либо четырех Daimler-Benz DB.600A - 12-цилиндровых, жидкостного охлаждения. Предусматривался экипаж из девяти человек: двух пилотов, радиста, бомбардира-бортинженера и пяти стрелков. Оборонительное вооружение состояло из одного пулемета в носовой части фюзеляжа, такого же пулемета в хвостовой установке и пушек в верхней и нижней управляемых гидравлически башнях. В бомбоотсеке на вертикальной подвеске можно было разместить шестнадцать стокилограммовых бомб.

Первые два опытных самолета уже находились в высокой степени готовности, когда 3 июня 1936 года генерал-лейтенант Wever погиб в авиакатастрофе. Его преемник Albert Kesselring был против строительства стратегической авиации на данной стадии развития Luftwaffe, что стало главной причиной прекращения работ по Ju.89 и его конкуренту Do.19. Только по настоянию Технического департамента программа вышла на этап летных испытаний.

Первый прототип Ju.89-V1 с двигателями Jumo-211A полетел в декабре 1936 года. Во время испытаний выявилась некоторая курсовая неустойчивость, поэтому шайбы оперения увеличили по площади. Второй прототип с двигателями DB-600A приступил к испытаниям в начале 1937 года. Третий прототип был переделан в транспортный Ju.90.

Летные испытания Ju.89 продолжались до официального прекращения программы в апреле 1937 года. Позже опытные самолеты были переделаны в транспортные и в таком виде использовались во время высадки в Hорвегии.