В 1997 году компания McDonnel Douglas вошла в корпорацию Boeing. Незадолго до этого, в ноябре 1995 года, выполнил свой первый полет новый палубный истребитель-бомбардировщик F/A-18E Super Hornet. В трехлетней испытательной программе участвовали семь машин: пять одноместных F/A-18E и два двухместных F/A-18F.

Самолет Super Hornet значительно отличается от исходной машины F-18. Площадь крыла самолета увеличена на 25%. В результате, несмотря на рост массы самолета, удалось уменьшить скорость сваливания, а посадочная скорость уменьшилась на 18км/ч. Больший размах крыла позволил установить два дополнительных подкрыльевых пилона для подвески вооружения. Общая масса полезной нагрузки, размещенной на шести подкрыльевых и трех подфюзеляжых узлах подвески, составляет 8050кг. Новое, более толстое и жесткое крыло выполнено с использованием геометрического уступа на передней кромке. Увеличена площадь вертикального и горизонтального оперения. Возросла и площадь наплывов крыла. В целях улучшения устойчивости и управляемости самолета на больших углах атаки в наплывах корневых частей крыла сделаны отверстия для пропуска воздушного потока, которые автоматически открываются при достижении заданного угла атаки. Спойлеры, закрывающие отверстия в наплывах, выполняют функции воздушных тормозов, что позволило отказаться от от воздушного тормоза большой площади, который располагался на предыдущих вариантах F/A-18 между килями.

Двухместный истребитель F/A-18F должен сменить на палубах авианосцев перехватчики F-14 Tomcat, а также будет выполнять роль самолета управления и наведения. Для замены палубных самолетов РЭБ EA-6B Prowler компания Boeing на базе двухместного F/A-18F разработала самолет РЭБ и электронной разведки EA-18G Growler. Одноместные истребители F/A-18E предназначены для завоевания господства в воздухе и будут использоваться в качестве палубных штурмовиков вместо A-6E Intruder.

Увеличенные размеры самолета и более высокие опоры шасси позволили увеличить объем внутренних топливных баков и подвешивать баки большей емкости. Общая масса топлива F-18E/F с пятью подвесными баками составляет 14т, что позволяет использовать его в качестве самолета-заправщика. Соответственно возрос и радиус действия самолета.

Самым большим внешним отличием самолета Super Hornet являются прямоугольные воздухозаборники, имеющие большую площадь сечения по сравнению с полукруглыми воздухозаборниками самолета Hornet. Применение новых воздухозаборников вызвано установкой на самолет новых двигателей General Electric F414-GE-400, для работы которых требуется большее количество воздуха. Уменьшению ЭПР самолета в целом способствует применение поглощающих покрытий в обшивке воздухозаборников, их каналов и передней части фюзеляжа, а также пилообразные края створок ниш основных опор шасси и золотое напыление фонаря кабины. Перед лопатками компрессора размещены радиальные пластины, рассеивающие излучение, отраженное компрессором.

Серьезной модернизации подверглась система управления полетом. На F/A-18E/F используется цифровая электродистанционная САУ с четырехкратным резервированием. От резервной механической системы полностью отказались. Это позволило уменьшить запас статической устойчивости, удержать маневренные характеристики самолета на уровне меньших по массе и габаритам F/A-18 предыдущих вариантов.

Компания Raytheon разработала для самолета Super Hornet БРЛС AN/AGP-79 с активной антенной фазированной решеткой. Станция обладает способностью обнаруживать цели класса "истребитель" на дальности до 160км. Для снижения радиолокационной заметности антенна БРЛC будет установлена под углом к вертикальной плоскости. На двух подфюзеляжных узлах внешней подвески могут размещаться два контейнера оптико-электронной навигационно-прицельной системы ATFLIR, включающей тепловизионное оборудование и лазерный дальномер-целеуказатель.

Оборудование кабины экипажа значительно усовершенствовано. В верхней части приборной доски расположен ЖК-индикатор с тактильным управлением. Под ним установлен цветной ЖК-монитор тактической обстановки. Для отображения полетной информации и параметров работы силовой установки также используются ЖК-индикаторы. Предусмотрена возможность модернизации БРЭО в процессе эксплуатации, для этого электросистема и система охлаждения имеют избыточную мощность.

В состав вооружения истребителя-бомбардировщика входят УР класса воздух-воздух AIM-9 Sidewinder, AIM-7 Sparrow и AIM-120 AMRAAM, противокорабельные ракеты AGM-84A Harpoon и AGM-84H SLAM, противорадиолокационные ракеты AGM-88 HARM, перспективные планирующие управляемые бомбы JSOW и JDAM. Возможна подвеска контейнеров с обрудованием РЭБ. В перспективе планируется вооружить самолет высокоманевренными ракетами ближнего боя нового поколения AIM-9X, а пушку M61A1 заменить более легким орудием.

Первый серийный самолет F/A-18E был построен в ноябре 1999 года.