Главными недостатками Me.163B были очень нестабильное топливо ракетного двигателя и нестабильная работа двигателя, малая продолжительность активного полета и неспособность рулить после посадки - самолет следовало поднять на взлетную тележку, чтобы потом буксировать трактором или на трейлере. В результате могла сложиться ситуация, что взлетная полоса забивалась неподвижными самолетами, крайне уязвимыми от налетов противника. Эти недостатки были рассмотрены еще до поступления Me.163B на вооружение и конструкторы начали работу над новыми вариантами самолета Me.163C и Me.163D. Если первый из них был лишь промежуточным решением с использованием двухкамерного двигателя HWK.509C-1 и несколько увеличенной емкостью топливных баков, то Me.163D представлял собой фактически другой самолет со значительно увеличенным фюзеляжем, вмещавшим большой запас топлива и убираемым трехстоечным шасси.

Me.163D сохранил от предшественника крыло, но его конструкция была изменена, чтобы увеличить емкость крыльевых баков. Существенно увеличился фюзеляж и объем фюзеляжных баков. В отличие от предыдущих проектов самолёт имел трёхколёсное, убираемое в фюзеляж шасси с носовым колесом. В качестве силовой установки использовался двухкамерный реактивный двигатель HWK 109-509С.

Первый опытный Me.163DV1 был готов в конце весны 1944 года. Планерные испытания прошли успешно, но к этому времени в министерстве авиации решили перевести работы по самолету в компанию Junkers. Там самолет получил обозначение Ju.248.

В компании Junkers самолет несколько переделали, в частности была установлена гермокабина. Неподвижные предкрылки были заменены на автоматические, а площадь закрылков была увеличена. Гаргрот за кабиной был срезан, а фонарь кабины стал каплевидным. Фюзеляж цельнометаллической конструкции выполнялся из трех секций. Передняя вмещала кабину, нишу носового колеса, радиостанцию и генератор. Она приклепывалась к основной секции, вмещавшей баки и ниши основных стоек шасси. Задняя секция была отъемной для обеспечения обследования двигательной установки.

Бронированный носовой конус от Me.163B а самолет не ставился, а защита пилота обеспечивалась бронеплитами, бронеспинкой и бронестеклом. Вооружение состояло из двух 30-мм пушек МК.108 в корне крыла.

Самолет Ju.248 был закончен в августе 1944 года. Первые испытания проводились в безмоторном полете на буксире за Ju.188. К сентябрю был установлен ракетный двигатель HWK.509C. Были подготовлены и одобрены РЛМ планы серийного производства.

Министерство авиации настояло на возвращении к первоначальному названию Me.263. Ракетный двигатель HWK.509C планировалось заменить на BMW.708 большей тяги, работавший на азотной кислоте. Однако самолет так и остался в единственном числе. Изменение военной ситуации не позволило завершить подготовку серийного производства. Опытный самолет был захвачен Красной Армией и направлен в Советский Союз, где проявлялся особый интерес к ракетным перехватчикам.

Конструкторское бюро Микояна и Гуревича получило задачу довести Me.263. Hе имея опыта работы со стреловидными крыльями и испытывая сомнения относительно схемы "бесхвостка", Микоян и Гуревич решили отказать от того и другого. Новый самолет И-270 получил прямое крыло тонкого профиля и горизонтальное оперение на киле. Первый полет самолета состоялся в 1946 году, но испытания вскоре были прерваны.