Разработка пульсирующих воздушно-реактивных двигателей в Германии была строго засекреченной и первую информацию о них немецкие авиаконструкторы получили только в начале лета 1941 года. К этому времени компания Messerschmitt уже вела работы по созданию самолетов на реактивной тяге. Проект P.1079 предусматривал создание маленького, простого и дешевого истребителя, который можно было оснастить различными типами реактивных двигателей. Но пока немецкие войска одерживали победы, работы по реактивной тематике шли неспеша. Но в начале 1942 года взгляды руководства Luftwaffe изменились и авиастроительные компании начали активную разработку реактивной техники.

Проект P.1079 был доработан под пульсирующие реактивные двигатели Argus As.014 и получил обозначение Me.328. Основным его назначением было сопровождение бомбардировщиков, а поскольку пульсирующий двигатель не дает статической тяги, то предполагался воздушный старт истребителя. Самолет должен был буксироваться тяжелыми бомбардировщиками He.177 или Me.264 на жесткой сцепке. При приближении истребителей противника самолет Me.328 отцеплялся и вступал в бой, после чего пилот уводил самолет на свою територию и выбрасывался с парашютом. Вооружение двухдвигательного Me.328A-1 состояло из двух 20-мм пушек, а вариант Me.328A-2 оснащался четырьмя двигателями, двумя 20-мм и двумя 30-мм пушками.

Истребитель-бомбардировщик Me.328B-1 мог нести одну бомбу весом 500 или 1000кг, а четырехдвигательный вариант Me.328B-3 имел бомбовую нагрузку 1400кг.

Серийный самолет должен был иметь цельнодеревянную конструкцию, а фюзеляж обшивался стальным листом. Двигатели первоначально планировалось установить на пилонах по бокам фюзеляжа за крылом, но вибрация при работе пульсирующих двигателей слишком сильно воздействовала на деревянную конструкцию хвостовой части. В результате двигатели решили установить под крылом на взрывных болтах, чтобы сбросить их в случае необходимости. В качестве посадочного устройства установили лыжу.

Пока проводились интенсивные продувки моделей, на заводе DFS построили десять планеров для аэродинамических и статических испытаний. Осенью 1943 года начались испытания планеров, установленных над фюзеляжем носителя, а затем и свободные полеты. Исследовалась и возможность взлета на буксире. Для этого самолет оснастили взлетной тележкой, прикрепленной к посадочной лыже и сбрасываемой в момент ее уборки.

Первые же моторные полеты выявили массу сложных и опасных проблем. Было несколько случаев самопроизвольного сброса двигателей в полете, а два прототипа развалились в воздухе из-за сильных вибраций пульсирующих двигателей, которые неизбежно сопровождают их работу. К тому же выяснилось, что на большой высоте двигатели неэффективны, а регулировать их тягу невозможно, и, следовательно, самолет не может выполнять функции истребителя.

Поэтому предпочтение было отдано варианту бомбардировщика, по сути - пилотируемой ракете, предназначенной для поражения крупных целей и кораблей. Защитой от перехвата была высокая скорость на малой высоте. Пилот должен был направить самолет на цель и выброситься с парашютом. Объем кабины не позволял установить катапультируемое сиденье, но с помощью взрывных болтов можно было сбросить хвостовую часть фюзеляжа, что обеспечивало безопасное покидание самолета. Но затея показалась слишком рискованной и летом 1944 года всю программу закрыли.