В то время как мир жил в напряженном ожидании развития событий в противостоянии немцев, англичан и французов, на северо-востоке Европы возник новый очаг боевых действий. В ноябре 1939 года СССР обвинил Финляндию в агрессивных намерениях и, сосредоточив на границе значительные военные силы, начал боевые действия. К немалому удивлению тогдашнего советского военного руководства, финны не только не капитулировали, но начали упорно и весьма аффективно обороняться, нанося ощутимые удары Красной Армии. Активное участие в этих боях принимала и авиация обеих сторон.

Финские ВВС к началу декабря 1939 года имели на вооружении около сорока относительно современных истребителей Fokker D.XXI и десяток устаревших Bristol Bulldog. Кроме этого, у финнов были легкие скоростные бомбардировщики Bristol Blenheim и штурмовики-пикировщики Fokker C.X. В этом конфликте западные страны поддержали Финляндию и оказали ей значительную помощь, причем не только техникой и вооружением, но и отрядами добровольцев. Вкладом Франции в укрепление финской авиации стали 30 истребителей MS.406.

Первые боевые вылеты самолеты MS.406 соверили в феврале 1940 года. В спешке тех дней машины не успели даже вооружить до конца - на большинстве отсутствовала пушка. Тем не менее, до конца войны эти истребители успели сбить 16 советских самолетов при одном потерянном MS.406.

При эксплуатации истребителей MS.406 еще французы столкнулись с отказами гидравлических и пневматических систем, ненадежной работой вооружения при низких температурах, что стало еще большей проблемой в условиях суровой финской зимы. Финские техники решили превратить MS.406 в полноценную боевую машину. Гидравлика и пневматика были частично заменены, частично продублированы электрическим или механическим приводом. У кресла пилота появилась бронеспинка. Телескопический прицел уступил место немецкому рефлекторному Revi, из Германии же получили и новое радиооборудование. В июне 1940 года у финнов появился дополнительный резерв для модернизации: после капитуляции Франции часть захваченных там MS.406 и MS.410 немцы переправили в Финляндию.

Начав войну против СССР, Гитлер предложил финнам присоединиться и через короткое время они восстановили свою прежнюю линию государственной границы. Среди истребителей финских ВВС французские самолеты были единственной пушечной машиной. Возможно, именно это помешало ему добиться больших успехов в воздушных боях, поскольку для его пушки нашлась более важная задача - нарушать сообщение на мурманской железной дороге. Истребители вели настоящую охоту на паровозы, тянувшие составы с ленд-лизовскими грузами.

Война в Карелии и Заполярье быстро приобрела позиционный характер, а линия фронта оставалась неизменной почти три года. Новая авиационная техника поступала сюда с большим опозданием; достаточно сказать, что в середине 1943 года еще воевали И-153, которым MS.406 противостояли вполне успешно. Только появление на советской стороне новых типов самолетов нарушило баланс сил. Несмотря на поставки Bf.109, финны ощущали острую нехватку истребителей и поэтому была предпринята попытка значительно улучшить боевые характеристики старых Morane-Saulnier.

Очевидной необходимостью являлась замена двигателя на более мощный. Выбор был сделан в пользу трофейных М-105П, которые являлись развитием французских Hispano-Suiza 12Y, что значительно упрощало его установку на истребитель. Был разработан новый мотокапот и воздухозаборники для радиаторов, которые теперь имели фиксированное положение. Вместо 20-мм пушки HS.404 пришлось установить крупнокалиберный трофейный пулемет БК.

Модернизированный самолет вышел на испытания в январе 1943 года. Результаты первых полётов полностью оправдали надежды конструкторов. Истребитель получил новое обозначение MM.406 и полуофициальное имя Morko-Morane ("morko" можно перевести с финского как "призрак").

Переделка MS.406 проходила слишком медленными темпами, так что к началу советского наступления в июле 1944 года удалось ввести в строй не более десяти самолётов. Как показала практика боевого использования, Morko мог с успехом сражаться с современными советскими истребителями. Окончательно процесс модернизации завершился уже после войны, после чего MM.406 и MS.406 оставались в строю до сентября 1948 года.