В конце 1948 года из-за бесперспективности работ по поршневым бомбардировщикам работы по проекту B-35 были прекращены, но два недостроенных самолета YB-35 было решено переделать в реактивный бомбардировщик XB-35B, которому позже присвоили собственное обозначение B-49 Flying Wing. Вместо четырех поршневых двигателей установили восемь турбореактивных двигателей Allison J35, разместив их двумя пакетами по четыре двигателя на каждом полукрыле. При этом пришлось отказаться от двух бомбоотсеков.

Для установки ТРД пришлось полностью перепроектировать двигательные отсеки и воздухозабрники. На поршневом B-35 выступающие обтекатели валов двигателей увеличивали курсовую устойчивость бомбардировщика, а их отсутствие на B-49 компенсировали установкой на верхней и нижней поверхностях крыла четырех небольших килей. Оборонительное вооружение сократили до минимума, ограничившись только хвостовой пулеметной установкой. Это дало возможность полностью очистить поверхность крыла от выступающих элементов.

Первый экземпляр бомбардировщика YB-49 был готов только к осени 1947 года, а первый его полет состоялся в октябре. В апреле 1948 года второй опытный образец YB-49 установил неофициальный рекорд продолжительности полета для реактивных самолетов, проведя в воздухе девять с половиной часов. Самолеты передали в испытательный центр Muroc, но в июне 1948 года один прототип, который пилотировали летчики-испытатели Daniel Forbes и Glen Edwards, развалился в воздухе из-за превышения допустимой перегрузки по невыясненным причинам. В декабре 1948 года в честь погибших пилотов авиабаза Muroc была переименована в Edwards AirForce Base, а название Forbes было присвоено авиабазе в штате Канзас.

Испытания самолета на устойчивость и управляемость довели до конца на втором экзепляре. Бомбардировщик оборудовали демпфером колебаний, который существенно улучшил путевую устойчивость. Но точность пробных сбросов бомб оказалась невысокой, так как бомбы попадали в мощные завихрения от крыла, а самолет сложно удержать на боевом курсе.

В январе 1949 года самолет YB-49 принял участие в показе новой авиационной техники на авиабазе Andrews, а на обратном пути в полете произошла серьезная авария - загорелись сразу три двигателя справа и один - слева. Летчикам удалось совершить вынужденную посадку на ближайшей авиабазе. Оказалось, что самолет забыли заправить маслом. Машину восстановили. Но в апреле в полете опять произошел пожар двигателя, а в мае на рулении сломалась носовая стойка шасси, бомбардировщик загорелся, и восстанавливать его уже не стали. На этом программа разработки B-49 была закрыта.