В предвоенный период SIAI (переименованная в Savoia Marchetti) активно пыталась пробиться на экспортные рынки. В середине 1938 года был заключен договор о продаже сорока пяти S.79 в Югославию. Все они были стандартного итальянского образца без каких-либо особенностей. Однако Маркетти считал, что для экспорта все же лучше подойдет не трех-, а двухмоторный бомбардировщик. Поэтому он, несмотря на отклонение министерством аэронавтики проекта S.79B (Bimotore), продолжил работы в этом направлении, доведя проект до постройки прототипа.

Самолет отличался совершенно новой носовой частью с остекленной кабиной бомбардира. Кабину пилотов для улучшения обзора выдвинули вперед и приподняли, она стала уже, и пилотов посадили тандемом. Изменение балансировки машины скорректировали удлинением моторной рамы, немного увеличили площадь киля. В целом машина стала более обтекаемой и это вполне компенсировало уменьшение суммарной тяги. Вооружение практически не изменилось: один 12.7-мм пулемет Breda-SAFAT размещался в носу, второй стоял на турели под сдвижными панелями, а третий рамещался в подфюзеляжной гондоле.

Двухмоторный бомбардировщик предлагали ряду стран, в том числе и Советскому Союзу, но лишь Ирак весной 1937 года заказал пять штук. Осенью того же года 24 самолета были заказаны Румынией. От иракских машин они отличались двигателями IAR K14-II (Gnom-Rhone, выпускавшийся в Румынии по лицензии), подвижным 7,69-мм пулеметом в носу и измененным оборудованием.

В том же году румыны потребовали переработать конструкцию под немецкие двигатели Jumo.211Da, рядные с жидкостным охлаждением, мощностью 1220л.с. Повышение мощности потребовало увеличения площади оперения, подфюзеляжную гондолу убрали, а 13.2-мм пулемет установили в люке на дне фюзеляжа. В боковых окнах поставили два 7.92-мм пулемета. В связи с тем, что румынские авиаконструкторы еще не имели достаточного опыта в производстве подобных самолетов, первые восемь были произведены на заводах Savoia Marchetti. Эти самолеты получили румынское обозначение JIS-79B (Jumo Italian S-79B).

В 1940 году было организовано лицензионное производство таких самолетов на заводах IAR. Самолеты румынской постройки JRS-79B (Jumo Roman S-79B) выпускались с моторами Jumo.211F мощностью 1400л.с. и имели дополнительную пару больших окон в задней части фюзеляжа. Несколько изменилось и оборонительное вооружение.

К июню 1941 года румынские ВВС включали четыре эскадрильи S.79. Они воевали в Бессарабии и под Одессой, принимали участие и в Сталинградской битве, где понесли огромные потери. В апреле 1944 года в качестве ночных бомбардировщиков их использовали против советской армии, наступавшей через Молдавию.

Горсточка уцелевших S.79JR после войны была переделана в транспортные самолеты и служила в авиации Румынской Народной республики до начала пчтидесятых годов.